Este problema se resuelve de una manera muy sencilla:
Lo que tenés que hacer es lo siguiente:
1º- Abrir el CM07 con la opción File\Open-FIFA07 para que cargue los fifa.db y eng.db, que se abren por defecto al iniciar el editor.
2º- Al cargar los datos, modificar los nombres de los equipos en las cuatro celdas que tiene el editor.
3º- Guardar los cambios y cerrar el editor.
4º- Abrirlo nuevamente con la opción File\Open-Select lan.db, escogiendo la que estés usando.
5º- Modificar los nombres de los equipos igual al paso 2.
6º- Guardar y salir.
IMPORTANTE: Si al editar los seleccionados en el paso 2 te aparecen asignados como si pertenecieran a otro país diferente (Ej: Albania, 'is a National Team' asignado a Letonia), no lo modifiques, puesto que es un bug del editor y cambiarlo te modificaría el país al cual pertenece en la .db que estés utilizando para dicho equipo.
Como probablemente tu problema ocurre con los nombres de los seleccionados nacionales, para evitar futuros inconvenientes similares te recomiendo que al ingresar el 'Database name' del equipo sea ligeramente diferente al nombre del país como lo ingresaste. Ejemplo: para PERU, que su seleccionado sea Peru NT o algo parecido.
Ahora bien, si el problema es con el nombre del país que no aparece, procede de manera similar al caso que te planteo, solamente modificando el nombre con el que estaría siendo guardado en la base de datos, que es el de la primera celda.
A mí me pasó varias veces, por lo cual no estaría mal guardar copias de los archivos fifa.fat, fifa.db y xxx.db (según el idioma que estés usando) cuando el problema no esté presente, para que luego te sea más fácil corregirlo.
Espero que te sirva.